La historia cuenta que en el año 827 dos mercaderes de la ciudad, Buono da Malamocco y Rustico da Torcello, en una expedición no oficial de diez hombres, auspiciada por el Doge, el gobernante local, Giustiniano Participazio, consiguieron rescatar los restos del apóstol conservados en Alejandría, que en ese momento había caído bajo dominación árabe musulmana. La repatriación a Venecia el 31 de enero del 828, fue la primera fecha de proclamación del Santo, que había predicado allí, como protector de la ciudad.
Se comenzaron las obras de construcción de la basílica en el año 829, y fue consagrada en 832. El primer edificio fue incendiado en el año 976 en medio de una revuelta popular, y la reconstrucción se terminó en el año 1071, sobre un plano en forma de cruz griega, cinco cúpulas y estilo bizantino, que ha recibido posteriores adiciones con el paso del tiempo. Las reliquias del apóstol fueron guardadas celosamente para protegerlas de robos y otros peligros. En todo el milenio, han transcurrido largos periodos de tiempo en los que no se sabía exactamente en qué parte se habían conservado.